转录组测序，是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录组分析的技术，该技术能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测，在分析转录本的结构和表达水平的同时，还能发现未知转录本和稀有转录本，精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性)，提供更为全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台，RNA-Seq无需预先针对已知序列设计探针，即可对任意物种的整体转录活动进行检测，提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，主要用于基因表达分析，也可以用于新转录本、SNP、剪接变体鉴定，等位基因差异表达分析等。